대토보상에 대한 양도소득세 과세특례 적용 시 세액감면과 과세이연을 동시에 적용할 수 있는지 여부 등

대토보상에 대한 양도소득세 과세특례 적용 시 세액감면과 과세이연을 동시에 적용할 수 있는지 여부 등 

 

 

• 조심-2025-서-0462
• 귀속년도 : 2021
• 생산일자 : 2025.04.01.
• 진행상태 : 진행중

 

요지

조특법 제77조의2가 토지의 양도소득금액 중 일부는 세액감면을 적용하고 나머지 금액은 과세이연을 적용할 수 있다고 규정되어 있지 아니하고, 위 조항의 개정 시 개정취지에도 과세이연 대신 감면을 신청하는 경우 감면율을 상향 조정하는 것으로 되어 있어 대토보상에 대한 양도세 과세특례 규정을 적용함에 있어 세액감면과 과세이연 방법 중 하나를 선택해야 하는 것으로 해석되는 점, 사후에 결과적으로 세액감면과 과세이연 중 청구인에게 유리하다고 하여 다른 과세특례 방법을 적용하여 기존에 확정된 양도소득세액을 다시 변경할 수 있도록 하는 것은 양도소득세의 법적 안정성 및 일반 납세자와의 과세형평성을 저해하게 되는 결과를 초래하는 점, 쟁점토지들에 대해 대토보상이 현금보상으로 전환되었다고 인정할 만한 객관적이고 구체적인 증빙 등이 없는 점 등에 비추어, 청구주장을 받아들이기 어려움

결정내용

심판청구를 기각한다.

상세내용

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1. 처분개요

 

 가. 청구인은 2001.6.1., 2015.3.27. 경기도 하남시 OOO 대 85㎡, 같은 동 66-1 대 57㎡, 같은 동 64-6 전 4㎡, 같은 동 68-5 대 51㎡, 같은 동 344 대 600㎡(이하 위 토지들을 모두 합하여 “쟁점토지들”이라 한다)를 ‘2001.5.24.자 매매’를 등기원인으로 소유권을 취득하였고, 2021.9.10. 한국토지주택공사, 경기주택도시공사 및 하남도시공사에 ‘2021.8.25.자 공공용지의 협의취득’을 등기원인으로 쟁점토지들의 소유권을 이전하였으며, 2021.11.30.경 「조세특례제한법」(이하 “조특법”이라 한다) 제77조의2의 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용하여 대토보상액 중 일부는 감면세액을 적용하고 나머지 보상액은 과세이연을 적용하는 것으로 하여 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 신고․납부하였다.

 

 나. 처분청은 2024.10.7.부터 2024.10.26.까지 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시하여, 쟁점토지들 중 경기도 하남시 OOO대 85㎡의 취득시기가 당초 2001.6.1.이 아니라 교환취득일인 2015.3.27.로 보아 쟁점토지들의 취득가액을 경정하였으며, 조특법 제77조의2 감면적용 시 세액감면을 받거나 과세이연을 받을 수 있을 뿐 동시에 중복으로 적용받을 수 없다 하여, 2024.11.11. 청구인에게 2021년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

 

 다. 청구인은 이에 불복하여 2024.12.19. 심판청구를 제기하였다.

 

 

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

 

 가. 청구인 주장

 

  (1) 1필지의 토지를 양도소득금액 기준으로 나누어 조특법 제77조의2 제1항을 적용하여 양도소득세 감면과 과세이연을 각각 적용하는 것이 조특법 제127조에서 규정하는 중복지원의 배제에 위배된다고 보아 과세처분을 한 것은 법령을 과세관청에 유리한 방향으로 확정해석 또는 유추해석한 것이므로 취소되어야 한다.

 

  (2) 설령 중복지원의 배제에 위배된다고 할지라도 납세자는 납세의무를 이행함에 있어 세법에서 허용한 범위 내에서 자신에게 유리한 방법을 선택할 권리가 있는바, 양도소득세액 전액을 과세이연 신청하였을 경우 세액을 신고납부한 시점부터 발생한 환급가산금을 지급하여야 한다.

 

 나. 처분청 의견

 

  (1) 조특법 제77조의2 제1항과 관련하여 기획재정부 예규(기획재정부 재산세제과-1578, 2022.12.23.)에 따라 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례 규정은 세액감면과 과세이연을 중복하여 적용할 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

 

  (2) 조특법 제77조의2 제4항과 같은 법 시행령 제73조 제6항에 의하면 양도소득세 감면이나 과세이연을 신청하려는 자는 해당 토지 등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 세액감면신청서 또는 과세이연신청서를 관할 세무서장에게 제출하여야 하는 요건이 있으므로 이는 세액감면과 과세이연 두 가지의 방법 중 하나를 선택하여 적용하는 것임을 알 수 있다.

 

   (가) 청구인이 처분청에 제출한 세액감면 신고내용과 과세이연신청서를 검토한바, 세액감면 신청에 따른 감면한도액(과세기간별로 1억원)에 걸려 한도초과액만큼 과세이연을 신청하였으므로 청구인은 세액감면과 과세이연 중 세액감면을 선택한 것이고, 세액감면한도초과액만큼 과세이연을 신청한 것은 세액감면과 과세이연을 중복적용한 것에 불과하다.

 

   (나) 청구인에게 세액감면이 유리할지 과세이연이 유리할지는 대토보상토지의 보유기간 및 양도 시 시가의 변동에 따라 달라지는 것으로서 현재 어떤 것이 유리한지 알 수 없고 오히려 대부분의 토지의 가치가 우상향하는 것을 전제로 대토보상토지의 보유기간이 오래될수록 청구인에게 불리하다.

 

   (다) 청구인은 현 시점에서 과세이연신청에 의한 경정청구를 통해 기납부세액을 환급받은 후 양도 시점에 과세이연이 불리한 결과가 초래된다면 재차 과세이연을 취소하고 세액감면을 재신청하는 수정신고를 하겠다고 주장하고 있는바, 이는 법적 안정성을 저해하고 청구인만 과세이연 효과를 과하게 누리게 됨으로써 과세형평에 어긋난다.

 

 

3. 심리 및 판단

 

 가. 쟁점

 

  ① (주위적) 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례 적용 시 세액감면과 과세이연을 동시에 적용할 수 있는지 여부

 

  ② (예비적1) 청구인에게 유리한 방법을 선택할 권리가 있다고 보아 전체 양도소득세에 대하여 과세이연을 적용할 수 있는지 여부

 

  ③ (예비적2) 현재까지 보상이 확정되지 않았다고 보아 현금보상 감면을 먼저 적용하고 나머지에 대해 과세이연을 적용할 수 있는지 여부

 

 나. 관련 법령 : <별지> 기재

 

 다. 사실관계 및 판단

 

  (1) 청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다.

 

   (가) 쟁점토지들에 대한 양도소득세 신고 및 처분청의 경정내역은 아래 <표1>과 같다.

 

<표1> 쟁점토지들의 양도차익 산정내역

○○○

 

   (나) 쟁점토지들 중 344번지 토지에 대한 등기사항전부증명서는 아래 <표2>와 같다.

 

<표2> 344번지 등기사항전부증명서(일부 발췌)

○○○

 

   (다) 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 조사와 관련하여 조사종결복명서를 제출하였고 그 중 주요 내용은 아래 <표3>과 같다.

 

<표3> 조사종결복명서 중 주요 내용 발췌

○○○

 

   (라) 조특법 제77조의2 규정과 관련하여 2015.1.1.부터 과세이연과 세액감면 중 선택할 수 있도록 개정되었는바, 국세청 발간 개정세법해설 책자의 관련 내용은 아래 <표4>와 같다.

 

<표4> 조특법 제77조의2 개정 관련 개정세법해설 내용

○○○

 

  (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 조특법 제77조의2 제1항이 양도소득세 감면과 과세이연을 중복 적용할 수 있다고 주장하나,

 

    조특법 제77조의2 제1항은 “거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2021년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지 등의 양도대금을 같은 법 제63조 제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 “대토보상”이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.”고 규정하고 있고, 조특법 제77조의2 제4항은 “제1항에 따른 감면이나 과세이연을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.”고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제73조 제6항은 “법 제77조의2 제4항에 따라 양도소득세 감면이나 과세이연을 신청하려는 자는 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서 또는 기획재정부령으로 정하는 과세이연신청서에 대토보상 신청서 및 대토보상 계약서 사본을 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.”고 규정하고 있는바,

 

    조특법 제77조의2가 토지의 양도소득금액 중 일부는 세액감면을 적용하고 나머지 금액은 과세이연을 적용할 수 있다고 규정되어 있지 아니하고, 위 조항의 개정 시 개정취지에도 과세이연 대신 감면을 신청하는 경우 감면율을 상향 조정하는 것으로 되어 있어 대토보상에 대한 양도소득세 과세특례 규정을 적용함에 있어 세액감면과 과세이연 방법 중 하나를 선택해야 하는 것으로 해석되므로, 세액감면과 과세이연을 각각 적용할 수 있다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

 

  (3) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 세액감면과 과세이연 중 유리한 방법을 선택할 권리가 있으므로 양도소득세액 전체에 대하여 과세이연을 적용할 수 있다고 주장하나,

 

    세액공제를 함에 있어 청구인에게 유리한 공제방법을 선택할 수 있는 경우와는 달리 앞서 살펴본 바와 같이 위 법령에 대한 문리해석이나 입법취지 등을 고려할 때 사후에 결과적으로 세액감면과 과세이연 중 청구인에게 유리하다고 하여 다른 과세특례 방법을 적용하여 기존에 확정된 양도소득세액을 다시 변경할 수 있도록 하는 것은 양도소득세의 법적 안정성 및 일반 납세자와의 과세형평성을 저해하게 되는 결과를 초래하므로 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

 

  (4) 마지막으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 청구인은 현재까지 대토보상이 확정되지 않았으므로 조특법 제77조에 따른 현금보상 감면을 먼저 적용하고 나머지에 대해 조특법 제77조의2에 따른 과세이연을 적용할 수 있다고 주장하나,

 

    현재까지 쟁점토지들에 대해 대토보상이 현금보상으로 전환되었다고 인정할 만한 객관적이고 구체적인 증빙 등이 없으므로 위와 같은 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

 

 

4. 결론

 

  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

<별지> 관련 법령

 

  (1) 조세특례제한법

 

제77조(공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면) ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2026년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 10[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 15로 하되, 「공공주택 특별법」 등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 40)]에 상당하는 세액을 감면한다.

 1. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

 2. 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

 3. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 토지등의 수용으로 인하여 발생하는 소득

 

제77조의2(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ① 거주자가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공익사업의 시행으로 해당 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2021년 12월 31일 이전에 해당 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 양도차익으로서 토지등의 양도대금을 같은 법 제63조제1항 각 호 외의 부분 단서에 따라 해당 공익사업의 시행으로 조성한 토지로 보상(이하 이 조에서 "대토보상"이라 한다)받는 부분에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도소득세의 100분의 40에 상당하는 세액을 감면받거나 양도소득세의 과세를 이연받을 수 있다.

④ 제1항에 따른 감면이나 과세이연을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 신청하여야 한다.

 

제127조(중복지원의 배제) ⑦ 거주자가 토지등을 양도하여 둘 이상의 양도소득세의 감면규정을 동시에 적용받는 경우에는 그 거주자가 선택하는 하나의 감면규정만을 적용한다. 다만, 토지등의 일부에 대하여 특정의 감면규정을 적용받는 경우에는 남은 부분에 대하여 다른 감면규정을 적용받을 수 있다.

 

  (2) 조세특례제한법 시행령

 

제73조(대토보상에 대한 양도소득세 과세특례) ⑥ 법 제77조의2 제4항에 따라 양도소득세 감면이나 과세이연을 신청하려는 자는 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액감면신청서 또는 기획재정부령으로 정하는 과세이연신청서에 대토보상 신청서 및 대토보상 계약서 사본을 첨부하여 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.