농지오케이의 투자교실

쟁점1·2토지를 사실상 1회에 양도하였는지 여부

농지오케이윤세영 2024. 4. 19. 09:33
쟁점1·2토지를 사실상 1회에 양도하였는지 여부 
 
인용
  • 조심-2023-중-3487
  • 귀속년도 : 2022
  • 생산일자 : 2024.01.30.
  • 진행상태 : 진행중

 

요지

청구인은 쟁점1·2토지의 부동산매매계약서에 기재된 내용대로 매매대금을 지급받았고, 양수인은 쟁점1·2토지의 소유권을 이전하면서 부동산담보대출을 실행한 후 매매대금의 잔금을 지급한 것으로 보여 양수인이 쟁점1·2토지를 한번에 취득할 자금이 없었다는 청구주장이 일리가 있어 보이는 점, 이 건과 같이 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다고 하여 과세관청이 조세회피목적에 대한 구체적인 입증 없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 합리적인 경제인의 입장에서 적법하게 이루어진 계약형식이나 세법상 기간과세의 원칙을 무시하고 과세권을 행사하는 것은 법적 실질과세원칙에 위배되어 부당하다고 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있음

결정내용

원주세무서장이 2022.12.7. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

상세내용

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[사건번호] 조심2023중3487 (2024.01.30)
   
[세 목] 양도 [결정유형] 취소

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[제 목] 쟁점1·2토지를 사실상 1회에 양도하였는지 여부
   
[결정요지] 청구인은 쟁점1·2토지의 부동산매매계약서에 기재된 내용대로 매매대금을 지급받았고, 양수인은 쟁점1·2토지의 소유권을 이전하면서 부동산담보대출을 실행한 후 매매대금의 잔금을 지급한 것으로 보여 양수인이 쟁점1·2토지를 한번에 취득할 자금이 없었다는 청구주장이 일리가 있어 보이는 점, 이 건과 같이 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다고 하여 과세관청이 조세회피목적에 대한 구체적인 입증 없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 합리적인 경제인의 입장에서 적법하게 이루어진 계약형식이나 세법상 기간과세의 원칙을 무시하고 과세권을 행사하는 것은 법적 실질과세원칙에 위배되어 부당하다고 보이는 점 등에 비추어 이 건 처분은 잘못이 있음
   
       
[관련법령] 소득세법 제98조
   
[참조결정]  
   
[따른결정]  

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[주 문]


 
  원주세무서장이 2022.12.7. 청구인에게 한 2022년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 이를 취소한다.

 
[이 유]


 
1. 처분개요
 
 가. 청구인은 강원도 원주시 OOO답 4,179㎡(같은 동 OOO답 5,098㎡에서 2012.3.28. 분할한 토지로 이하 “쟁점토지”라 한다)를 보유하다가, 2015.7.16. 1,282㎡를 같은 동 OOO(이하 “쟁점토지①”라 한다)로, 2021.12.20. 1,363㎡를 같은 동 OOO(이하 “쟁점토지②”라 한다)로 분할하였고, 2021.12.10., 2022.1.28. 쟁점토지①·②를 aaa과 bbb(이하 “양수인”이라 한다)에게 각각 OOO원에 양도(쟁점토지①·②의 거래를 “쟁점거래”라 한다)한 후, 이에 대한 양도소득세를 신고하면서 자경농지에 대한 감면세액 OOO원(과세기간별 한도)을 각각 적용하여 2021년·2022년 귀속 양도소득세를 신고·납부하였다.
 
 나. 처분청은 2022.8.29.〜2022.9.16. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시한 결과, 쟁점거래가 사실상 하나의 거래이나 형식상 두개로 나누어 과세기간을 달리함으로써 조세감면을 과다하게 적용받기 위한 것으로 보아 쟁점토지①·②의 양도가액을 OOO원으로, 양도일을 2022.1.28.로 하고, 감면세액 OOO원을 적용하여 2022.12.7. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정‧고지하였다.
 
 다. 청구인은 이에 불복하여 2023.1.30. 심판청구를 제기하였다.
 
 
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
 
 가. 청구인 주장
 
  (1) 청구인이 쟁점토지①·②를 매매하게 된 경위 등은 다음과 같다.
 
   (가) 쟁점토지①의 매매에 대하여 살펴보면, 청구인은 계약을 이행하기 위하여 2021.11.3. 근저당권 설정등기를 말소하고 2021.12.10. 양수인과 청구인은 잔금 지급과 소유권이전등기를 하였다.
 
   (나) 쟁점토지②의 매매에 대하여 살펴보면, 청구인은 계약의 이행을 위하여 분할 허가 신청 및 측량을 거쳐 2021.12.20. 해당 토지에 대한 토지대장 작성 및 등기부에 기재가 완료된 후 2022.1.28. 양수인과 청구인은 잔금 지급과 소유권이전등기를 하였다.
 
   (다) 양수인은 자금이 부족하여 쟁점토지①·②의 분할 전인 쟁점토지의 전부를 매입할 수 없으므로 분할하여 매수하기를 원하였고, 당시 사용하던 사업장의 임대차 기한이 2022년 10월 말이어서 계약 당시 시간적 여유가 있는 상태였으므로 대출 시기를 가급적 미루어 이자비용을 줄이기 위해 쟁점토지②에 대한 잔금지급일을 계약서 상 일자로 할 것을 요구하였다.
 
   (라) 청구인은 선친으로부터 증여받아 경작지로 사용하던 토지를 단기간 내에 처분하려는 구체적인 계획은 없었으나, 언젠가 처분하는 경우에는 연차적으로 해를 달리하여 처분하려는 생각이 있었으므로, 사정이 양수인과 일치하여 쟁점토지①·②의 매매계약을 맺고 쌍방은 계약서의 내용대로 채무를 이행하여 거래를 종결하였다.
 
  (2) 처분청은 청구인이 쟁점토지①·②의 매매계약 시 양도시기를 각각 다르게 정한 것은 감면 한도를 2번 적용받기 위해 취한 형식에 불과하다며 실질과세의 원칙에 따라 쟁점토지②의 양도시기에 쟁점토지①도 함께 양도된 것으로 보아야 한다는 의견이나,
 
   (가)「국세기본법」제14조 제3항은 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법을 대상으로 그것이 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그러한 행위 또는 거래를 부인하고 그 경제적 실질내용에 따라 직접거래나 단일거래로 재구성하여 세법 등을 적용한다고 규정하고 있는데, 해당 규정의 요건은 둘 이상의 행위 또는 거래가 조세법상의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우이다.
 
   (나) 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 없는 비정상적인 것인지에 따라 판단하여야 한다(대법원 2020.12.10. 선고 2017두35165 판결).
 
   (다) 청구인은 계약 당시 마이너스 통장에 상당액의 이자비용이 발생될 정도로 부의 잔액이 있었고, 쟁점토지①·②는 농지로서 경작기간이 아닌 때이라 사용수익을 얻을 수도 없으므로 토지대금을 가급적 빨리 회수하여 차입금을 상환하여 이자비용을 줄이고자 하였다.
 
   (라) 양수인은 2022년 10월말 임대차기간이 만료되는 사업장을 부지를 얻어 신축하기로 계획하였고, 건축시간을 고려하여 빨리 쟁점토지①·②의 매입을 확정하고자 하였으나 자금이 부족하여 쟁점토지①·②의 분할 전인 쟁점토지의 전체를 매입할 수 없었다. 따라서 쟁점토지②를 분할하기 위해 측량 및 분할을 위한 시간이 필요하였고 양수인은 부지매입을 조기에 확정 짓되 매입대금 잔금의 지급시기는 이자비용을 고려하여 가급적 미루어지기를 원하였다.
 
   (마) 계약 당사자는 각자가 처한 사정을 고려하여 경제적 합리성을 기준으로 쟁점토지①과 쟁점토지②의 잔금 지급시기를 계약서와 같이 정하였고 그와 같이 계약상 의무를 이행하였다.
 
   (바) 특약사항 중 매도인의 사정으로 쟁점토지②가 소유권이 이전되지 못하는 경우 쟁점토지①의 계약을 무효로 한다는 내용은 매도인의 계약불이행 책임을 무겁게 정하기 위한 것으로 거래시기는 쟁점토지①과 쟁점토지②의 거래당사자가 각자의 계산을 바탕으로 형성한 자유로운 의사의 합치이다. 합리적인 경제인의 관점에서 당사자의 위와 같은 사정과 계약의 이행과정을 보면 오히려 단일거래 형식을 취하는 것이 비합리적이라 할 것이다.
 
  (3) 다양하게 변화하는 경제생활의 관계에 그때그때 즉시 대응하여 구체적으로 규정하는 것이 입법 기술상 어려운 점을 고려하여 ‘부당하게’라는 불확정 개념을 법률요건으로 규정한「국세기본법」제14조 제3항을 구체적인 사례에 적용할 필요성은 수긍할 수 있으나, 사실관계의 판단은 예측가능성과 법적안정성을 훼손하지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석하여야 할 것이다.
 
   (가) 과세요건을 구체적으로 명확히 하지 아니하고 유형적으로 규정한 법령을 적용하기 위해 사실관계를 판단할 때에는 법령이 적용되는 범위를 일관성 있게 해석하여 유형적으로 같은 것은 같고 다른 것은 다르게 함으로써 부당한 차별이 없어야 하며 예측가능성과 법적안정성을 지켜야 할 것이다.
 
   (나) 거래가 이루어지는 현실을 보면 법 개정이 예상되거나 시행 시기가 해를 달리하여 정해진 경우 또는 공익사업 목적의 토지를 협의 양도하는 경우 등에서 다단계거래가 발생한 사례는 적지 않다.
 
   (다) 이중 납세자가 취한 2차례 거래형식을 부인하고 단일거래로 보아 과세한 사례를 살펴보면, 동일한 필지를 분할하여 양도이거나 자금거래의 자료나 거래상대방의 진술 등으로 밝혀진 사실관계가 경제적인 합리성이 없이 오직 세금부담을 줄이기 위한 목적이 있었다고 볼 만한 경우에 한정하고 있다.
 
  (4) 쟁점토지①·②의 매매계약은 2필지를 필지별로 거래한 것으로, 청구인은 쟁점토지①을 사용수익 할 수 없는 기간 중 먼저 양도하여 이자비용의 지출액을 줄이는 것이 합리적이라 할 수 있고, 계약일 당시의 자금사정과 앞으로 소요될 건축비 등을 차입에 의존하여야 할 양수인의 사정으로 보아 쟁점토지를 분할하고 쟁점토지②의 잔금청산일을 미루어 거래를 종결한 사실 또한 평균적인 사람의 경제적 선택 기준에 맞는 합당한 거래라 할 것이다.
 
  (5) 결론적으로 쟁점거래는 경제적인 합리성이 있는 행위이고, 계약 당사자 일방의 계약상의 채무를 담보하기 위하여 추가한 특약사항이 있다하여 달리 볼 이유가 없음에도 처분청이 청구인이 부당하게 감면혜택을 받는 것이라고 주장하는 것은 청구인이 선택한 대안 중 결과적으로 세부담액이 적은 대안을 택하였다는 거래의 결과에 대한 설명 이외에는 그 부당성의 근거가 없고, 유사한 경우에 과세관청이 행한 과세 선례에 비추어 볼 때, 관련 규정의 요건을 차별적으로 확대 적용한 것으로 처분청이 쟁점거래를 하나의 거래로 보아 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.
 
 나. 처분청 의견
 
  (1) 쟁점거래는 실질적으로나 형식적으로나 하나의 거래이다.
 
   (가)「국세기본법」제14조 제3항은 둘 이상의 거래를 거치는 방법으로 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질내용에 따라 하나의 거래를 한 것으로 보아 세법을 적용한다고 규정하고 있다.
 
   (나) 청구인에 대한 양도소득세 조사기간 중 청구인이 제출한 소명서와 양수인이 제출한 사실확인서에 따르면 양수인은 기존 강원도 원주시 학성동에 소재한 택배사업장의 계약기간이 종료됨에 따라 새로운 토지 및 건물(창고시설 약 50평 규모의 2동 및 약 40평 규모의 1동)을 취득 및 신축하기 위하여 알아보다가 쟁점토지①로 소재지를 결정하였는데, 건물 배치에 따라 면적을 추가하고 맹지였던 쟁점토지①까지 진입하기 위한 진입로를 설치하기 위하여 쟁점토지의 일부를 분할하여 같이 매입하기로 하였다.
 
   (다) 매매계약일인 2021.11.1. 토지 2필지를 필지별로 각각 계약서를 작성하였고, 계약일 당시에는 쟁점토지②가 분할이 되지 않아 쟁점토지로 계약을 한 뒤 쟁점토지②가 쟁점토지에서 분할된 후 쟁점토지②로 계약서를 수정하였다. 쟁점토지②의 매매계약서에 기재된 특약사항에는 쟁점토지①과 동시에 매매계약서를 작성한다고 명시되어 있고, 쟁점토지①의 매매계약서에 기재된 특약사항에도 쟁점토지②(분할 전 쟁점토지)와 동시에 매매계약서를 작성한다고 명시되어 있다.
 
   (라) 또한 두 매매계약서 모두 “매도자의 사정으로 쟁점토지의 분할에 따른 계약대상 토지(쟁점토지②) 소유권 이전 미경료시 해당 두필지의 계약은 무효로 하고 해당 2필지에 관계된 계약금, 잔금등 기 지불된 금액은 즉시 매수자에게 반환하기로 한다. 또한 해지에 따른 계약금의 배액만큼 추가 배상해주기로 한다”고 명시되어 있다.
 
   (마) 청구인은 경제적인 합리성을 기준으로 매매계약을 하였고, 매도인의 사정으로 쟁점토지②에 대한 소유권이 이전되지 못하는 경우 쟁점토지①의 매매계약을 무효로 한다는 내용이 매도인의 계약불이행 책임을 무겁게 정하기 위한 것이라고 주장하나,
 
    1) 양수인의 토지매수 목적은 택배사업장의 이전을 위한 것으로 사업장의 면적확보를 위해 2필지를 동시에 매수한 것이고, 신축건물을 위하여 2필지를 모두 사용하여 공사를 한 것은 두 거래의 경제적 실질내용이 하나의 거래라고 보는 것이 타당하다.
 
    2) 또한 매매계약이라는 형식적인 내용조차도 2건의 매매계약을 동시에 매매를 작성한다고 명시하였고, 이와 더불어 1건의 매매계약이 무효가 되면 다른 계약도 무효로 하고 지급한 모든 계약금의 배액만큼을 배상하기로 명시한 것은 2건의 거래가 형식적으로나 실질적으로 결합되어 있다고 볼 수 있으며, 2개로 나누어 거래한 매매계약이 각각 독립적인 거래로는 전혀 볼 수 없고 오히려 하나의 거래를 의도적으로 2건으로 나누어 거래했다고 볼 수 있다.
 
  (2) 쟁점토지①·②를 2회에 걸쳐 거래를 한 특별한 이유가 없다.
 
   (가) 청구인이 양도소득세 조사기간 중 처음 제출한 소명서의 매매동기를 보면 급하게 목돈이 필요한 사정이 있는 것도 아니었고, 농지를 처분할 생각이 없었으나 양수인과 중개인이 두 세차례 찾아와 조금 더 높은 가격을 제시하면서 적극적으로 매도를 권유하여 일부를 매매하기로 하였다고 하였다. 또한 소명서의 내용에는 매매계약 과정에서 쟁점토지를 분할한 후 건축이 가능한지 양수인이 확인한 뒤 이를 담보로 대출받아 대금을 지급하기로 계약할 것을 요청하였다고 기재되어 있다.
 
   (나) 하지만 심판청구서에는 마이너스통장 대출의 이자비용을 줄이기 위해 토지대금을 가급적 빨리 회수하고자 하였다고 주장하여 일관되지 않은 주장임을 알 수 있는데, 토지매매 의사도 없던 청구인이 갑자기 대출상환을 위하여 토지분할도 되지 않은 상황에서 급하게 토지일부를 매매한 이유로 보기는 어렵고, 더군다나 2021.12.10. 쟁점토지①을 양도하여 대출금을 상환한 후 2022.1.28. 쟁점토지②를 양도하여 대출금을 상환한다고 해도 50일 사이에 대출이자비용과 관련하여 경제적인 이익을 누릴 수 있는 부분이 미미하므로 토지를 2회에 걸쳐 양도한 이유로 보기는 어렵다.
 
   (다) 한편 양수인은 심판청구서에 건축시간을 고려하여 빨리 토지매입을 확정하고자 하였으나 자금문제로 잔금의 지급시기를 가급적 미루어지기 원하였다고 기재한 것으로 보아 양수인의 사정으로 2회에 걸쳐 양도했다고 볼 만한 이유가 없다. 더불어 매매계약서의 특약사항에 매도자의 사정으로 쟁점토지②의 소유권이 이전되지 못하는 경우 쟁점토지①의 매매계약을 무효로 하고 계약금의 배액만큼 배상해주기로 한 내용을 보면 양수인은 2회에 걸쳐 양수하다가 소유권이전이 경료되지 않는 등 문제가 발생할 경우 청구인에게 책임을 지우는 것으로 보아 양수인의 사정이 아님을 알 수 있다.
 
   (라) 청구인에 대한 양도소득세 세무조사 기간 중 2022.8.31. 현장확인 시 까지도 양수인은 건물신축을 완공하지 않고, 쟁점토지①·②에서 사업을 하지 않고 있었으며, 기존 사업장의 임대 계약기간도 2022년 10월로 되어 있어 양수인의 급한 사정이 있었다고 보기 힘들다.
 
  (3) 청구인이 쟁점토지①·②를 2회에 걸쳐서 매매하여 양도소득세의 감면한도를 2번 적용받고 누진세율을 회피한 것은 처음부터 의도적으로 계획하여 진행한 것이다.
 
   (가) 청구인은 청구주장을 통하여 “선친으로부터 증여받아 경작지로 사용하던 토지를 단기간 내에 처분하려는 구체적인 계획은 없었으나, 언젠가 처분하는 경우에는 연차적으로 해를 달리하여 처분하려는 생각이 있었으므로, 사정이 양수인과 일치하여 쟁점토지①·②의 매매계약을 맺고”라고 언급하였다. 이는 양도계약 전부터 자경농지의 감면한도 및 누진세율 적용의 회피를 통하여 경제적인 이익을 얻을 수 있음을 알고 있었다는 것을 의미한다.
 
   (나) 또한 청구인은 “거래 주체들은 세법체계를 환경적인 제약요인으로 인식하고 의사결정을 하므로 예상되는 세부담을 고려하여 여러 개의 대안 중 하나를 선택하는 것은 자유에 속하는 것이며 감면요건이 개재되었다고 하여 달리 볼 것이 아니다”라고 언급하고 있어 청구인은 세부담을 낮추기 위해 의도적으로 2회에 나누어 거래한 것을 알 수 있다.
 
   (다) 청구인이 쟁점토지①·②를 2회에 나누어 거래를 함으로써 절약한 담보대출 이자는 세무조사 시 증빙서류로 제출한 OOO의 마이너스대출에 대한 기본 약정정보에 따르면, 약정금액(OOO원)에 대출금리(3.46%)로 연이자로 약 OOO원이고, 이를 50일로 환산하면 약 OOO원인데, 이는 50일을 먼저 양도하여 절감한 세액(OOO원 초과)에 비하면 극히 적은 금액으로 대출이자를 절감하기 위함이 아닌 세금을 의도적으로 회피하기 위함으로 보는 것이 타당할 것이다.
 
 
3. 심리 및 판단
 
 가. 쟁점
 
  과세기간을 달리하여 쟁점토지①·②를 2회에 나누어 양도한 쟁점거래에 대하여 그 실질이 하나인 거래에 해당하는 것으로 보아 양도소득세를 부과한 처분의 당부
 
 나. 관련 법령
 
  (1) 국세기본법
 
   제14조(실질과세) ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.
③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.
 
  (2) 소득세법
 
   제98조(양도 또는 취득의 시기) 자산의 양도차익을 계산할 때 그 취득시기 및 양도시기는 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우를 제외하고는 해당 자산의 대금을 청산한 날로 한다. 이 경우 자산의 대금에는 해당 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 해당 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액은 제외한다.
 
  (3) 소득세법 시행령
 
   제162조(양도 또는 취득의 시기) ① 법 제98조 전단에서 "대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 경우를 말한다.
 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기·등록접수일 또는 명의개서일
 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부·등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일
 
  (4) 조세특례제한법
 
   제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2023년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (단서 생략)
 
   제133조(양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도) ① 개인이 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.
 1. 제33조, 제43조, 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조, 제77조의2, 제77조의3, 제85조의10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
 2. 5개 과세기간의 합계액으로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액. 이 경우 5개 과세기간의 감면받을 양도소득세액의 합계액은 해당 과세기간에 감면받을 양도소득세액과 직전 4개 과세기간에 감면받은 양도소득세액을 합친 금액으로 계산한다.
  나. 5개 과세기간의 제66조부터 제69조까지, 제69조의2부터 제69조의4까지, 제70조, 제77조 또는 제77조의2에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 2억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액
 
 다. 사실관계 및 판단
 
  (1) 처분청과 청구인이 제출한 심리자료 등에 따라 나타나는 사실관계는 다음과 같다.
 
   (가) 쟁점거래와 관련한 일자별 사건내용은 아래 <표1>과 같다.
 


<표1> 쟁점거래와 관련한 일자별 사건내용
 
   (나) 청구인은 쟁점토지①·②에 대해 2021.11.1. 양수인과 부동산매매계약서를 작성하였는데, 계약서상 계약금, 중도금, 잔금일 등의 세부내역은 아래 <표2>·<표3>과 같다.
 
<표2> 쟁점토지①·② 부동산매매계약서의 내용 일부


                                                                (단위 : 원)
 


<표3> 쟁점토지①·② 부동산매매계약서의 특약사항
 
   (다) 청구인이 제출한 예금거래내역(OOO예금주 : 청구인)을 보면, 청구인은 쟁점토지①·②의 계약금으로 2021.11.1. OOO원(OOO원씩 2회 입금), 쟁점토지①·②의 잔금으로 2021.12.10. OOO원, 2022.1.28. OOO원을 각각 지급받은 것으로 나타난다.
 
   (라) 처분청은 2022.8.29.〜2022.9.16. 기간 동안 청구인에 대한 양도소득세 조사를 실시고 작성한 조사종결보고서의 내용 일부는 아래 <표4>와 같다.
 


<표4> 조사종결보고서의 내용 일부
 
   (마) 청구인은 쟁점토지①·②에 대한 양도소득세를 신고하면서 자경농지에 대한 감면세액 OOO원(과세기간별 한도)을 각각 적용하여 2021년·2022년 귀속 양도소득세를 신고·납부하였고, 처분청은 쟁점거래가 사실상 하나의 거래를 두개로 나누어 과세기간을 달리함으로써 조세감면을 과다하게 적용받은 것으로 보아 쟁점토지①·②의 양도가액을 OOO원으로, 최종 잔금청산일을 2022.1.28.로 하고 감면세액 OOO원을 적용하여 2022.12.7. 청구인에게 2022년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였으며, 관련 내용은 아래 <표5>와 같다.
 
<표5> 쟁점토지①·②에 대한 신고 및 경정 내역
                                                                (단위 : 원)
 
   (바) 청구인이 쟁점토지①·②를 8년 이상 자경한 사실과 쟁점토지①·②의 양도가액 및 취득가액에 대하여는 청구인과 처분청 간에 다툼은 없다.
 
   (사) 쟁점토지의 항공사진은 아래 <표6>과 같다.
 
<표6> 쟁점토지의 항공사진
 
   (아) 양수인은 쟁점토지①·②의 지상에 아래 <표7>·<표8>과 같이 건물 3개동을 신축(착공일 : 2022.5.30., 사용승인일 : 2022.9.7.)하였고, 이후 2022.9.28. 신축한 건물의 소재지(강원도 원주시 OOO)로 사업장을 이전한 것으로 나타난다.
 


<표7> 건축물대장상 내용 일부
 
<표8> 건물 배치도
 
   (자) 쟁점토지①·②의 등기사항증명서 상 근저당권의 설정과 관련한 내용은 아래 <표9>·<표10>과 같다.
 


<표9> 쟁점토지①의 근저당권 설정 현황
 


<표10> 쟁점②토지의 근저당권 설정 현황
 
   (차) 양수인 중 aaa의 부채증명서(기준일 : 2022.10.11.)와 aaa이 2022.8.25. 작성한 사실확인서의 내용은 아래 <표11>·<표12>와 같다.
 
<표11> aaa의 부채증명서(기준일 : 2022.10.11.)
                                                                (단위 : 원)
 


<표12> aaa의 사실확인서 내용 일부
 
  (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지①·②의 거래가 일련의 단일 거래에 해당하므로 1과세기간의 감면한도를 적용하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다는 의견이나,
 
   청구인은 쟁점토지①·②의 부동산매매계약서에 기재된 내용대로 매매대금을 지급받았고, 양수인은 쟁점토지①·②의 소유권을 이전하면서 부동산담보대출을 실행한 후 매매대금의 잔금을 지급한 것으로 보여 양수인이 쟁점토지①·②를 한번에 취득할 자금이 없었다는 청구주장이 일리가 있어 보이는 점, 납세의무자가 동일한 경제적 목적을 달성하기 위해 선택한 여러 가지의 법률관계 중 하나가 과중한 세금부담을 회피하기 위한 행위였다 하더라도, 가장행위에 해당한다고 볼만한 특별한 사정이 없는 이상 유효하다 할 것이며, 실질과세원칙에 따라 특정 거래행위를 조세회피행위로 보아 그 효력을 부인하려면 조세법률주의 원칙상 법률에 개별적이고 구체적인 부인규정이 마련되어 있어야 할 것인바(대법원 1991.5.14. 선고 90누3027 판결, 대법원 2009.4.9. 선고 2007두26629 판결 등 같은 뜻임), 이 건과 같이 결과적으로 낮은 조세부담이 발생하였다고 하여 과세관청이 조세회피목적에 대한 구체적인 입증 없이 사법상 사적자치의 원리에 따라 합리적인 경제인의 입장에서 적법하게 이루어진 계약형식이나 세법상 기간과세의 원칙을 무시하고 과세권을 행사하는 것은 법적 실질과세원칙에 위배되어 부당하다고 보이는 점, 이 건 쟁점토지①과 쟁점토지②의 경우 청구인이 양도시점에 임박하여 분필 등 임의적인 변경행위 등을 통해 분리하였다거나 결합된 토지의 공유지분을 나누어 양도한 것이 아니라 당초부터 분리되어 있던 개별 필지를 각각 양도하면서 잔금지급 시기만 달리 정한 것으로, 이처럼 당초부터 분리된 별개의 필지를 매매하면서 잔금지급일을 달리하였다는 사정으로 여기에 세법 등의 혜택을 부당하게 받기 위한 가장된 둘 이상의 행위 또는 거래가 있었다고 단정하기는 어려운 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점토지①과 쟁점토지②의 거래형식을 부인하고 하나의 양도거래로 보아 1과세기간의 감면한도를 적용하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 잘못이 있다고 판단된다.
 
 
4. 결론
 
  이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.