협의매수로 농지가 수용된 경우, 종전 토지의 자경기간이 4년 미만인 경우에는 농지대토에 대한 양도소득세 감면이 적용되지 아니함

협의매수로 농지가 수용된 경우, 종전 토지의 자경기간이 4년 미만인 경우에는 농지대토에 대한 양도소득세 감면이 적용되지 아니함

 

 

 

쟁점토지의 양도가 농지대토에 대한 양도소득세 감면요건을 충족하는지 기각

• 심사-양도-2022-0062
• 귀속년도 : 2021
• 생산일자 : 2022.11.23.
• 진행상태 : 완료

 

요지

협의매수로 농지가 수용된 경우, 종전 토지의 자경기간이 4년 미만인 경우에는 조특법 제70조 제1항에 따른 농지대토에 대한 양도소득세 감면이 적용되지 아니함

결정내용

결정 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

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주 문

이 건 심사청구는 기각합니다.

이 유

1. 사실관계 및 처분개요

 가.청구인은 2020.2.18. ○○ ○○구 ○○동 ○○-○ 전 760㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 ○○○으로부터 ○○○원에 취득한 뒤 2021.12.23. ○○공원 보상사업용지 비축사업과 관련하여 한국토지주택공사에 쟁점토지의 소유권을 이전하였으며, 2022.2.24.「조세특례제한법(이하“조특법”이라 한다)」제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】규정을 적용하여 쟁점토지의 양도소득세 ○○○원이 전액 감면되는 것으로 양도소득세 예정신고를 하였다.

  나. 처분청은 청구인이 조특법 시행령 제67조 제3항에 규정된 대토감면 요건 즉, 쟁점토지를 취득한 후 양도하기까지 4년 이상의 경작요건을 충족하지 아니하였다고 하여 당초 신고한 대토감면을 부인하고 2022.5.9. 청구인에게 2021년 과세연도 양도소득세 ○○○원(가산세 포함)을 결정고지 하였다.

  다. 청구인은 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2022.9.14. 이 건 심사청구를 제기하였다.

 2. 청구인 주장

  가. 기초사실관계

   1) 청구인은 배우자와 함께 수십 년간 농지소재지에 거주하고 있는 전업농민으로서, 2020.2.18. 쟁점토지를 취득하여 자경하여 왔다. 쟁점토지 보유기간 동안 자경사실에 대해서는 ○○농협의 조합원증명서와 거래자별 매출 상세내역서(비료, 농약, 시설원예자재, 배합사료 등 구매내역), 농지원부, 농업경영체 증명서, 경작사실확인서 등에 의해 확인된다.

   2) 청구인은 ○○공원 보상사업용지 비축사업(국토교통부고시 제20○○-○○○호)에 쟁점토지가 편입됨에 따라 2021.12.29.「공공토지의비축에관한법률」에 따라 수용에 의한 협의매매를 원인으로 한국토지주택공사(○○지역본부)에 양도하였으며, 2022.6.7. 조특법상 감면요건을 충족하는 새로운 농지인 ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○ 소재 대토농지를 취득한 뒤 계속 농사를 짓고 있다.

   3) 쟁점토지의 감면요건 중 농지요건, 거주요건, 대토요건(기간, 면적, 가액요건)을 제외한 부분은 처분청과 다툼이 없다.

  나. 조특법 제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】규정은 같은 법 69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】의 보충적 규정으로, 종전 농지를 4년 이내에 공공용지 수용의 사유로 매도한 경우에도 양도소득세 감면요건을 충족한 것으로 보아 농지대토 감면을 적용받을 수 있다.

   1) 조특법 제69조에는“농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다”고 규정되어 있고, 조특법 시행령 제67조 제6항에는“제3항 제1호 및 제2호를 적용할 때 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간의 계산에 관하여는 제66조 제14항을 준용한다. 이 경우 새로운 농지의 경작기간을 계산할 때 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 합산하여 8년이 지나기 전에 제65조 제14항에 해당하는 기간이 있는 경우에는 새로운 농지를 계속하여 경작하지 아니한 것으로 본다”라고 규정되어 있으므로, 조특법 제70조 대토감면규정은 8년 이상 자경농지에 대한 감면규정의 보완규정으로 보아야 한다.

   2) 즉, 농업인의 입장에서 볼 때 한 곳에서 8년 이상 자경한 경우나 경작상 필요에 따라 새로운 곳으로 옮겨서 통산하여 8년 이상 자경한 경우는 동일한 것일진대, 농지 대토에 대한 양도소득세 감면 규정은 8년 이상 자경농지에 대한 감면규정의 보완규정으로서, 종전 농지와 새로이 취득한 농지의 경작기간을 통산하여 8년 이상 자경한 경우 동일한 세제상의 감면혜택을 부여한다는 취지의 감면조항인 것이다.

  다. 조특법 시행령 제67조 제4항에 규정된 “수용농지”는 새로이 취득하는 대토농지가 아니라“종전 농지”로서 이 농지가 수용되는 경우로 해석되어야 한다.

   1) 조특법 시행령 제67조 규정을 살펴보면, 제1항은 “거주자”를, 제2항은“자경”을, 제3항은“대토 요건”을, 제4항은 예외규정으로서“수용의 경우”를, 제5항은 상속의 경우“경작기간의 통산”을, 제6항은 경작기간 계산시“거주자의 소득요건”을, 제7항은 수용 등의 경우“감면소득의 계산”을, 제8항은 주거지 등에 편입된 경우의“감면제외 기간”을, 제9항은“감면신청서 제출”을, 제10항은 사후관리 규정으로서“감면추징 사유”를, 제11항은 감면분 추가납부 시“이자 상당액”을 규정하고 있다.

   2) 일반적으로 법률의 규정은 조문 순서상 보편적 일반적 사항을 먼저 나열하고 다음으로 예외적 사항이나 특별한 사항을 규정하고 있으며, 그 해석에 있어서도 법률 항목의 순서가 뒤에 오는 항목의 내용이 일반법에 대한 특별법적 지위를 가지고 예외적, 우선적으로 해석하고 적용하는 것이다.

   3) 조특법 시행령 제67조 제4항에서는“제3항 제1호 및 제2호를 적용할 때 새로운 농지를 취득한 후 4년 이내에「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 혐의매수․수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 4년 동안 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다”고 규정하고 있는데, 이는 앞의 제3항의 “대토요건”에 대한 특별규정으로서, 수용이 되는 경우“4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자”에 대한 예외적인 규정인 것이다.

  4) 따라서, 일단 종전 농지의 4년 이상 자경 여부로 감면요건을 판단하되, 대토농지가 자경기간 4년 미만인 경우에는 자경기간의 합이 8년 미만이므로 종전 농지의 감면사후관리 규정 위반으로서 양도 시 감면을 배제할 것이 아니라, 사후적으로 추징하는 것이 타당하다고 할 것이다.

   5) 즉, 조특법 시행령 제67조 제4항 규정의“수용되는 농지”는 새로이 취득한 대토농지가 아니라“종전 농지”로, 이 농지가 수용되는 경우로 해석되어야 할 것이다.

  라. 조특법 제67조 제4항의 규정에는 주어인 “종전 농지”가 생략되어 있다.

   1) 동 조항에서 대토농지에 대한 감면을 규정한 것이라면,“새로운 농지를 취득한 후 4년 이내에 ~ (이하 생략)~ 수용되는 경우”라는 문구 사이에 “새로운 농지를 취득한 후 “그 농지가” 4년 이내에 ~ (이하 생략) ~ 수용되는 경우”로 명확히 규정되어야 한다.

   2) 동 조항은 앞의 제3항의 “대토요건”에 대한 특별규정으로서, 수용의 경우 “4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자”에 대한 예외적인 규정인 것으로서, 수용 농지는 새로이 취득하는 “대토농지”가 아니라 “종전 농지”인 것이다.

   3) 즉, 동 조항의 생략된 주어는 그 농지가 아니라 종전 농지라는 것이고, 그렇게 해석해야만 이 조항이 “대토농지에 대한 감면”이 아니라 “농지대토에 대한 감면”규정이 되는 것이다.

  마. 세법을 해석․적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

   1) 청구인의 경우 쟁점토지인 종전 농지의 양도는 경작상 필요에 따라 자의적으로 양도하고 새로운 농지를 대토한 것이 아니다. 만약, 법률에 따른 강제 수용이 없었다면, 고향에서 계속해서 농사를 짓고 살아갈 것인데 어쩔 수 없이 국가의 수용에 따라 협의매수로 양도된 것이다.

   2) 그렇다면, 보편적이고 일반적인 경우 경작상 필요 또는 자의에 따른 양도 시의 4년 이상 자경요건에 대한 예외로서 수용의 경우를 규정한 것으로 보는 것이 정당한 해석이며,「국세기본법」 제18조의 세법적용원칙에도 부합할 것이다.

  바. 종전농지와 대토농지의 경작기간의 합이 8년 이상인 경우에도 먼저 수용여부에 따라 세법상 차별적인 취급이 발생하는 바, 동일한 경제적 실질에 대하여 합리적 이유 없이 세법상 차별적 취급을 하여서는 아니된다.

   1) 기존 국세청 해석례에 따르면 경작기간의 합이 8년 이상인 경우라도 먼저 수용된 “종전 토지”는 경작기간이 4년 미만인 경우 감면을 배제하게 되고, 대토농지가 나중에 수용되는 경우에는 감면이 적용되는 결과에 이르게 되는바, 대토농지가 나중에 수용되는 경우에는 대토감면이 적용되는 결과에 이르게 되므로, 이를 달리 취급하는 결과에 이르게 되어 동일한 경제적 실질에 대해 합리적 이유 없이 세법상 차별적 취급을 하게 되는 것이다.

   2) 기존 예규에 의하면, 11년을 자경한 후 수용된 경우 양도차익 전액을 감면받았을 것이나, 종전 농지와 대토 농지의 자경기간의 합이 11년으로 동일한 경우에도 수용시기에 따라 일부 배제 또는 감면 적용으로 아래 그림과 같이 부당한 경우가 발생한다. <그림 생략>

   3) 만일, 강제 수용이 없었더라면 종전 농지와 대토 농지의 자경기간의 통산의 합은 8년 이상으로 동일하여 전업농인 청구인은 경작상 필요에 따라 자의로 취득할 대토농지는 필요가 없었을 것이고, 계속하여 종전 농지에서 8년 이상을 경작하였을 것이므로, 청구인은 100% 양도소득세 감면을 적용받을 수 있었을 것이다.

   4) 그러나, 상기 <사례1>의 경우, 종전 농지는 전부 감면 배제되어 양도소득세를 부담하고 대토농지A는 감면적용을 받았을 것이고, <사례2>의 경우에는 종전 농지는 감면적용을 받고, 대토농지A는 감면이 배제될 것이므로, 수용 시기에 따른 세법상 차별적인 취급을 받게 된다.

   5) 이는 농민이 억울하게 양도소득세 부담을 안게 되는 결과에 이르게 되는 것이고, 또한 조특법 제69조의 보충적 규정으로서의 조특법 제70조 대토감면규정의 의미 또한 없어지는 결과가 될 것이다.

  사. 감면혜택을 주는 특례규정은 엄격히 적용되어야 하는데, 양도물건의 감면요건을 판단함에 있어 당해 물건의 4년 이상 경작 여부로 판단하여야 할 것이지 새로이 취득하는 대토농지의 수용여부로 판단하는 것은 종전 농지의 경작기간이 제외되는 모순이 발생하게 되어 잘못이라 할 것이고, 대토농지의 4년 미만 자경요건은 사후관리 시 추징요건인 것이다.

  아. 조특법 시행령 제67조 제10항은 새로 취득한 대토농지의 감면 후 추징요건을 규정(사후관리)하고 있는데, 이것은 “종전 농지”의 감면규정과는 별개의 사후관리로서의 추가납부규정이므로,“종전 토지”의 양도소득세 감면신청 시 적용할 감면요건 충족여부와는 전혀 별개의 규정이라고 할 것이다.

  자. 결론

    청구인은 고향을 지키며 농업인으로서 쟁점농지 외에도 수 필지의 농지를 소유하여 배우자와 함께 성실하게 농사를 지어오고 있으며, 쟁점토지는 청구인의 주민등록등본, 조합원 증명서, 농지원부 등에 의거하여 자경사실을 확인할 수 있다.

    청구인의 경우 수용된 “종전 농지”는 비록 그 경작기간이 4년 미만이라 하더라도 경작상 필요에 따른 자의적 양도가 아니라 강제적으로 수용된 토지이므로, 같은 법 시행령 제67조 제4항에서 규정한“법률에 따라 수용되는 경우에는 4년 동안 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다”라는 규정을 충족하며, 감면을 적용받는 것이 타당하다.

    앞서 살펴본 바와 같이 비록 쟁점토지의 자경기간이 4년 미만이지만, 수용으로 인한 불가피한 사정이 발생하였고, 대토농지를 취득하여 계속 농업에 종사하고 있어 조특법 제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】규정에 따른 양도소득세 감면요건을 충족하고 있으므로, 청구인에 부과된 양도소득세 전액을 취소하여 주기 바란다.

 3. 조사청 의견

  가. 쟁점토지는 청구인이 2020.2.18. 매매를 원인으로 취득하였으며, 쟁점토지 등기사항전부증명서에서 확인되는 보유기간은 1년 10개월 5일이다.

  나. 청구인은 조특법 제70조 대토감면규정은 같은 법 제69조의 보충적 규정으로서 종전 농지와 새로 취득한 농지의 경작기간을 통산하여 8년 이상 자경한 경우 동일한 세제상의 감면혜택을 부여하는 취지이고, 조특법 시행령 제67조 제4항 규정은 주어인 “종전농지”가 생략되어 있고 동 규정상 “수용 농지”는 새로이 취득하는 대토농지가 아니라 “종전 농지”가 수용되는 경우로 해석되어야 한다고 주장한다.

  다. 그러나, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바, 조특법 제70조 대토감면규정과 같은 법 제69조 자경농지에 대한 양도소득세의 감면 규정은 별개의 규정으로, 감면 요건이 각각 별도로 규정되어 있으며, 해당 법 조문에 맞는 감면 요건을 충족해야 감면대상에 해당되는 것이다.

  라. 조특법 시행령 제67조 제4항에서 “제3항제1호 및 제2호를 적용할 때 새로운 농지를 취득한 후 4년 이내에「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 4년 동안 농지 소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다”라고 규정되어 있는데, 여기서 조특법 시행령 제67조제3항제1호 및 제2호를 적용할 때 “새로운 농지”란, 종전 농지가 아니라 대토농지를 말하는 것으로 해석하여야 한다.

  마. 즉, 조특법 시행령 제67조 제4항의 규정은 대토농지와 관련되어 수용 등 부득이한 사유가 발생하였을 때 대토감면을 인정해 준다는 예외규정으로, 쟁점토지(종전 농지)는 위 법 조항의 적용대상이 아님이 명백하다.

  바. 따라서 쟁점토지의 양도는 조특법 시행령 제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】의“종전 농지 4년 이상 경작요건”을 충족하지 못하였으므로, 처분청이 대토감면을 부인하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

4. 심리 및 판단

 가. 쟁점

    법률에 따른 협의매수로 농지를 대토한 경우, 양도한 토지의 자경기간이 4년 미만이어도「조세특례제한법」제70조 농지대토에 대한 양도소득세 감면규정을 적용할 수 있는지

 나. 관련 법령

  1) 조세특례제한법 제70조【농지대토에 대한 양도소득세 감면】

   ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나「도시개발법」또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세를 감면한다.

  1-1) 조세특례제한법 시행령 제67조【농지대토에 대한 양도소득세 감면요건 등】

   ① 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 거주자"란 4년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 "농지소재지"라 한다)에 거주한 자로서 대토 전의 농지 양도일 현재「소득세법」제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)를 말한다.

    1. ~ 3. (생략)

   ③ 법 제70조제1항에서 "대통령령으로 정하는 경우"란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

    1. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득(상속ㆍ증여받은 경우는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)하여, 그 취득한 날부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

    가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2이상일 것

    나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

    2. 4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도한 후 종전의 농지 양도일부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다.

    가. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적의 3분의 2 이상일 것

    나. 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상일 것

   ④ 제3항제1호 및 제2호를 적용할 때 새로운 농지를 취득한 후 4년 이내에「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 4년 동안 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다.

   ⑤ 제3항제1호 및 제2호를 적용할 때 새로운 농지를 취득한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 농지 소유자가 사망한 경우로서 상속인이 농지소재지에 거주하면서 계속 경작한 때에는 피상속인의 경작기간과 상속인의 경작기간을 통산한다.

   ⑥ 제3항제1호 및 제2호를 적용할 때 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간의 계산에 관하여는 제66조제14항을 준용한다. 이 경우 새로운 농지의 경작기간을 계산할 때 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조제14항에 해당하는 기간이 있는 경우에는 새로운 농지를 계속하여 경작하지 아니한 것으로 본다.

   ⑩ 법 제70조제4항에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 이 경우 경작기간의 계산 등에 관하여는 제4항 및 제5항을 준용한다.

    1. 종전의 농지의 양도일부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득하지 아니하거나 새로 취득하는 농지의 면적 또는 가액이 제3항제1호 각 목의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우

    2. 새로운 농지의 취득일(제3항제2호에 해당하는 경우에는 종전의 농지의 양도일)부터 1년(질병의 요양 등 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 경작하지 못하는 경우에는 기획재정부령으로 정하는 기간) 이내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시하지 아니하는 경우

    3. 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 미만인 경우

    4. 새로운 농지의 경작을 개시한 후 종전의 농지 경작기간과 새로운 농지 경작기간을 합산하여 8년이 지나기 전에 제66조제14항에 해당하는 기간이 있는 경우

   ⑪ 법 제70조제5항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액"이란 법 제70조제4항에 따라 납부하여야 할 세액에 상당하는 금액에 제1호의 기간과 제2호의 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

    1. 종전의 농지에 대한 양도소득세 예정신고 납부기한의 다음 날부터 법 제70조제4항에 따른 양도소득세 납부일까지의 기간

    2. 1일 10만분의 25

  2) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

   ① 농지 소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령으로 정하는 경영이양 직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를「한국농어촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농어촌공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령으로 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2021년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지 중 대통령령으로 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 해당 토지가 주거지역등에 편입되거나「도시개발법」 또는 그 밖의 법률에 따라 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나, 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득에 대해서만 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

  2-1) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】

   ⑭ 제4항ㆍ제6항ㆍ제11항 및 제12항에 따른 경작한 기간 중 해당 피상속인(그 배우자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다) 또는 거주자 각각에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 과세기간이 있는 경우 그 기간은 해당 피상속인 또는 거주자가 경작한 기간에서 제외한다.

   1. 「소득세법」제19조제2항에 따른 사업소득금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외하며, 이하 이 항에서 "사업소득금액"이라 한다)과 같은 법 제20조제2항에 따른 총급여액의 합계액이 3천700만원 이상인 과세기간이 있는 경우. 이 경우 사업소득금액이 음수인 경우에는 해당 금액을 0으로 본다.

   2. 「소득세법」제24조제1항에 따른 사업소득 총수입금액(농업ㆍ임업에서 발생하는 소득, 같은 법 제45조제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득과 같은 법 시행령 제9조에 따른 농가부업소득은 제외한다)이 같은 법 시행령 제208조제5항제2호 각 목의 금액 이상인 과세기간이 있는 경우

 다. 사실관계

  1) 쟁점토지의 등기사항전부증명서에 따르면, 청구인은 2020.2.18. ○○○으로부터 쟁점토지를 취득하였다가 2021.12.22. 공공용지의 협의취득을 원인으로 하여 2021.12.23. 한국주택공사에 소유권을 이전한 사실이 확인된다.

  2) 또한, 청구인은 2022.6.7. ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○ 답 529㎡를 매매 취득한 사실이 토지 등기사항전부증명서에서 확인된다.

  3) 청구인이 2021.12.22. 한국토지주택공사와 체결한 용지매매계약 내용을 살펴보면,「공공토지의 비축에 관한 법률」에 따라 국토교통부고시 제20○○-○○○호(2020.12.17.)로 사업인정 고시된 “○○공원 보상사업용지 비축사업”에 쟁점토지가 편입됨에 따라 매매대금 ○○○원에 쟁점토지를 매매하는 계약을 체결한다는 내용이 확인된다.

  4) 청구인은 쟁점토지 보유기간 동안 자경한 사실에 대한 입증자료로 농지원부 2매(2022.1.17. ○○시 ○○구청장 발급), 조합원 증명서 1매(2022.1.19. ○○농업협동조합장 발행), 농업경영체 증명서 1매(2022.1.21. 국립농산물품질관리원장 발급), 경작사실확인서 1매(2통 통장 김○○ 확인), 거래자별매출상세내역서 5매(2022.1.19. ○○○○농협 ○○○○지점장 확인)를 제출하였으며, 쟁점토지의 수용여부, 쟁점토지에서의 자경사실 여부에 대하여 처분청과의 다툼은 없다.

  5) 청구인의 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고내역과 처분청의 결정내역은 아래 <표1>과 같으며, 결정결의서의 과세사유에는‘쟁점토지의 대토감면요건(종전의 농지 4년 경작요건)이 충족되지 않은 것으로 확인되어 감면 부인하고 양도소득세를 결정고지 한다’는 내용이 확인된다.

<표1> 양도소득세 신고 및 결정내역 <기재생략>

  6) 국세청이 발간한 2014년 개정세법 해설책자에서는 농지대토에 대한 양도소득세 감면제도를 합리화하기 위하여 조특법 제70조 제4항ㆍ제5항, 조특령 제67조 제10항ㆍ제11항 및 조특령 제67조 제1항․제3항~6항이 신설된 것으로 설명하고 있으며, 각 조문의 개정 취지와 개정내용은 다음과 같다.

  ① 농지대토 사후관리 규정 신설(조특법 제70조제4항․5항, 제67조제10항․제11항) <생략>

  ② 농지대토시 양도소득세 감면요건 합리화(조특법 시행령 제67조제1항․제3항~제6항) <생략>

 라. 판단

  1) 관련 법리

   가) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003두7392., 2004.5.28., 대법원2005다19163, 2006.5.25. 등 참조).

   나) 조특법 제70조 제1항에는 농지소재지에 거주하는 대통령령으로 정하는 거주자가 대통령령으로 정하는 방법으로 직접 경작한 토지를 경작상의 필요에 의하여 대통령령으로 정하는 경우에 해당하는 농지로 대토(代土)함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정되어 있고, 같은 법 시행령 제67조 제1항에서는 ‘대통령령으로 정하는 거주자’를 4년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작을 개시할 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다. 이하 이 조에서 ‘농지소재지’라 한다)에 거주한 자로서 대토 전의 농지 양도일 현재「소득세법」제1조의2제1항제1호에 따른 거주자인 자(비거주자가 된 날부터 2년 이내인 자를 포함한다)로 규정하고 있고, 제3항에서는‘대통령령으로 정하는 경우’란 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다고 하면서 제1호에서“4년 이상 종전의 농지소재지에 거주하면서 경작한 자가 종전의 농지의 양도일로부터 1년(「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법룔」에 따른 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 2년) 내에 새로운 농지를 취득하여 그 취득한 날로부터 1년 내에 새로운 농지소재지에 거주하면서 경작을 개시한 경우”로서 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지 면적의 3분의 2 이상이거나 새로 취득하는 농지의 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상인 경우에 해당하여야 하며 “다만, 새로운 농지의 경작을 개시한 후 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전의 농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상인 경우로 한정한다”고 규정하고 있다. 또한 제4항에는 “제3항제1호 및 제2호를 적용할 때 새로운 농지를 취득한 후 4년 이내에「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 4년 동안 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 본다”고 규정되어 있다.

  다)‘농지의 대토’라고 인정되는 경우에 양도소득세를 감면하는 규정의 취지가 농지의 자유로운 대체를 보장함으로써 농민을 보호하고 농업을 발전・장려하기 위한 것인 점에 비추어 볼 때, 구「조세특례제한법 시행령」제67조 제4항의 규정은, 농지를 취득하였다가 매각한 것이 자경농가로서 소유하던 농지를 경작상의 필요에 의하여 대토하기 위한 경우임에도 불구하고 대토농지를 새로 취득한지 3년이 경과하기 전에 그 대토농지가 협의매수 또는 수용되는 경우에, 자경농가의 책임 없는 사유로 인하여 양도소득세 감면의 혜택이 배제되는 것을 막기 위한 방법으로서 협의매수 또는 수용으로 인해 3년간 거주・자경의 요건을 충족하지 못하는 경우에도 그 요건이 충족된 것으로 간주하는 규정이라고 봄이 상당하다(대전고등법원(청주) 2015누10446, 2016.1.13. 참조).

   2) 법률에 따른 협의매수로 농지를 대토한 경우, 양도한 토지의 자경기간이 4년 미만이어도 조특법 제70조 규정에 따라 양도소득세를 감면할 수 있는지에 대한 판단

   가) 위 법리와 앞서 살펴본 사실관계 및 다음의 내용으로 볼 때, 쟁점토지의 양도에 따라 발생한 소득에 대해서는 양도소득세액을 감면하기는 어렵다.

    조특법 제70조 제1항, 같은 법 시행령 제67조를 종합하면, 농지대토에 대한 양도소득세를 감면하기 위해서는 4년 이상 대토 전의 농지 소재지에 거주하면서 종전 농지를 직접 경작하여야 하고, 종전농지 양도일로부터 1년(또는 2년) 내에 새로운 농지를 취득하여 그로부터 1년 이내에 경작을 개시해야 하며, 새로운 농지소재지에 거주하면서 계속하여 경작한 기간과 종전농지 경작기간을 합산한 기간이 8년 이상이어야 하는 요건을 충족하여야 하는데, 다만, 새로운 농지를 취득한 후 4년 이내에「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 협의매수․수용 및 그 밖의 법률에 따라 수용되는 경우에는 4년 동안 농지소재지에 거주하면서 경작한 것으로 보도록 되어 있다.

    청구인은 쟁점토지 소재지에 4년 이상 거주하면서 경작하지 아니하였다고 하더라도 토지 수용으로 인해 쟁점토지가 양도되었으므로 조특법 제70조 및 같은 법 시행령 제67조 규정을 적용하여 양도소득세가 감면되어야 한다고 주장한다.

    그러나, 조특법 시행령 제67조 제4항의 규정은 새로이 취득한 농지에 관하여 4년 이상 경작하지 못한 경우라도 그 농지가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」등에 의하여 수용된 경우에는 4년 이상 경작한 것으로 본다는 규정으로서 종전 농지와는 아무런 관련이 없는 조항이며,

    청구인의 주장과 같이 본 사건에 유추 적용된다고 해석하면 조특법 제70조 제1항 및 동법 시행령 제67조가 정하는 거주․자경의 요건이 사실상 무의미해짐으로써 일정한 요건을 갖춘 경우 특례를 부여하기로 하는 위 규정의 취지가 몰각되는 결과가 발생할 우려가 있다고 할 것으로(청주지법2014구합1395, 2015.3.19. 참조), 대토농지가 아닌 종전 토지가 협의 매수된 본 사건의 경우 조특법 시행령 제67조 제3항의 ‘농지의 대토’에 해당한다고 보기 어렵다.

 나) 따라서 처분청이 청구인에게 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

5. 결론

    이 건 심사청구는 청구주장이 이유없다고 인정되므로「국세기본법」제65조제1항제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.